Con el arzobispo de Santafé Bartolomé Lobo Guerrero. Se trataba de Alonso de Medrano y Francisco de Figueroa quienes venían de México y pronto se ocuparon de diversos ministerios, principalmente de la fundación de un colegio, hoy conocido como Colegio Mayor de San Bartolomé. Después, en 1600, estos dos Jesuitas se embarcaron para Europa y, como fruto de sus gestiones, fue enviada una expedición de doce jesuitas, que llegaron a Cartagena en 1604. De los doce jesuitas, siete se quedaron en Cartagena, donde abrieron un colegio y los otros cinco siguieron a Santafé.

El 31 de julio de 1767 los Jesuitas fueron sorprendidos por la real pragmática de Carlos III que los expulsaba de sus dominios. Por su parte, el Papa Clemente XIV promulgó el breve Dominus ac Redemptor de supresión de la Compañía de Jesús en agosto de 1773.

Posteriormente, la Compañía de Jesús fue restaurada el 7 de agosto de 1814 por el Papa Pío VII, pero sólo fue hasta el 18 de junio de 1844 que los Jesuitas regresaron a Colombia, entonces llamada Nueva Granada, donde les fue confiado el Seminario Menor que había sido instalado en las instalaciones del Mayor de San Bartolomé; también abrieron un colegio en Medellín. Sin embargo, el 18 de mayo de 1850, el general José Hilario López, quien buscaba introducir las ideas liberales en nuestro territorio, emitió un decreto, basado en la vigencia de la pragmática sanción de Carlos III, por el cual expulsaba a setenta y seis Jesuitas que se encontraban en Nueva Granada. Un grupo salió para Jamaica y otro para Ecuador.

En 1858, el Arzobispo de Bogotá Antonio Herrán logró que el Superior Jesuita de Guatemala, Pablo Blas, restaurara la Compañía de Jesús en Colombia. Sin embargo, el 21 de julio de 1861 los Jesuitas fueron nuevamente expulsados de tierras colombianas por el General Tomás Cipriano de Mosquera.

El triunfo del presidente Núñez en la guerra civil (1884-1885) favoreció el restablecimiento de los jesuitas en 1884, año en que se abrieron los colegios máximos de María Inmaculada (Bogotá) y San Ignacio (Medellín). Posteriormente, en febrero de 1887, se abrió en Bogotá el Noviciado con cuatro novicios. El gobierno confió a la Compañía de Jesús el colegio de San Bartolomé en Bogotá (1887), y el obispo Velasco, sucesor del difunto Arzobispo de Bogotá, no sin contradicciones, le devolvió la Iglesia de San Ignacio con todos sus bienes (1891).

En el siglo veinte, dado el crecimiento de obras y del personal de la provincia, el P. General Juan Bautista Janssens, S.J. erigió el 6 de noviembre de 1961 dos provincias independientes: Colombia Oriental y Occidental, aunque algunas casas y obras fueron llevadas por ambas provincias. La Provincia actual se debe al P. General Pedro Arrupe, S.J., quien decidió reunificar las dos provincias en una sola el 6 de noviembre de 1968.